1、在人體與已經存在的益生菌之間，應該存在著一種平衡。如果在這種平衡沒有建立之前就出現霉菌生長，那就會出現相應的疾病，比如常見的新生兒鵝口瘡，就是在嬰兒腸道正常菌群建立之前出現的一種霉菌感染。如果這種平衡被人為破壞，比如濫用抗生素，就可能出現與抗生素相關的腹瀉、真菌感染等疾病。

2、益生菌與人體腸道黏膜共同形成屏障，一起抵御致病病原體對人體更深的侵害。
　　
3、益生菌還能合成人體所需的B族維生素、維生素K、蛋白質及一些酶，有利于腸道對維生素D、鈣、磷、鐵等的吸收，可促進嬰兒神經系統的發育，還可產生抵御病菌的免疫球蛋白A。
　　
4、近年的研究表明，益生菌在促進人體抵抗致病病原體的同時，還可避免和減輕過敏的產生和發展。